Con todo, tras dar a volta ao mundo, a Vitoria encheuse de area (8,5 millóns de marabillas) e tres anos máis tarde Elkano investiu os seus beneficios noutra viaxe. En 1525, a expedición encabezada polo comandante García Jofre de Loaisa e Elkano Maior partiu dA Coruña rumbo ás Illas Molucas; tres irmáns de Elkano, o seu cuñado e varios compañeiros tamén formaban parte da tripulación. A nai viúva de Juan Sebastián, Katalina do Porto, e o resto da familia quedaron en terra, sós e empobrecidos. Segundo as crónicas da época atopábanse “nunha situación de gran necesidade e esgotamento”. Vendeu os restos da súa familia ao exército para que puidese continuar, e cando non tivo nada que vender, dirixiuse á coroa para cobrar o que Nadia prometéralle ao seu fillo.

O caso de Catalina quedou enredado na trama da araña burocrática; ata que se confirma a morte de Elkano, a tesouraría real non lle puido dar diñeiro. Juan Sebastián Elcano morreu en Molucas o 4 de agosto de 1526, por mor dun escorbuto, na Vitoria, que uns anos antes levara ao hotsanse. Pero os poucos sobreviventes desta expedición non chegaron a Lisboa até dez anos despois. Así, o testamento de Elkano chegou á corte de Valladolid en 1536, da man de Andrés Urdaneta. Para entón, a coroa debía aos herdeiros de Elkano 7.000 ducados (ou case 2,5 mártires). Segundo diversas fontes, a tesouraría determinou que os elcano empezarían a recibir 150.000 marabedi ao ano, cifra inferior á que se prometeu, pero non hai documentos que demostren que nunca se percibiu a pensión reducida.

Así, a cambio de ser o primeiro en dar a volta ao mundo, Elkano encheuse de viúvas e orfos, se empobreció e disolveuse.