Florencio Idoate foi director do Arquivo Xeral de Navarra desde 1966 até 1982. Coñecer este dato é imprescindible para comprender a dimensión da súa obra. Pasou toda a súa vida entre papeis, agora preparando catálogos, agora escribindo artigos sobre a historia local. Escribiu corenta e dous libros sobre temas da Idade Media até a Idade Contemporánea e deu a coñecer moitas das súas ideas no xornal carlista O Pensamento Navarro.

En canto á conquista, identificábase coa hipótese oficial, pero nos seus escritos matizou esa oficialidade con moitos matices, sobre todo a través de datos concretos. En 1981 escribiu o libro Esforzo bélico de Navarra no século XVI da man da Deputación Foral de Navarra, o máis amplo sobre a conquista. Nela, o vicerrei de España tras a conquista mostrou a súa desconfianza cara aos navarros coa cantidade de información atopada nos documentos. É dicir, puxo patas para arriba a teoría oficial de que os navarros aprobaron o novo status.

“[Garesko] os cidadáns queixábanse de que o rexemento e os seus xefes pedían o mesmo trato e por iso a carga concentrábase constantemente sobre eles. Moitos se burlaban deles dicindo que eran ‘petxeroak 11 e ríanse’. Parece que os ‘españois’ se aloxaban na vila desde que viñeron a Navarra, segundo dicía un das súas testemuñas. Este detalle explícanos como os españois seguían sendo estraños para os caros e para o resto dos navarros. (...)

A falta de confianza sistemática cara aos navarros percíbese a través dos papeis que consultamos, escritos por militares estranxeiros nesta terra. (...)

Despois de medio século de castellanización, os estranxeiros aínda vían a sombra dos Albret en Navarra. (...)

Vicerrei en lugar de rei, estamos a ver como o signo da suposta fidelidade e falta de confianza que se lle impuxo aos navarros mantívose. (...) A
independencia sempre será lembrada de resignación por razóns sentimentais e prácticas, pero nalgúns casos, o paso dos anos acabará coa eliminación desa patria lexítima, a xeración que coñeceu o paso dun reino independente a un dependente. Con todo, a clase nobre, os líderes, tratan de adaptarse ao novo tempo, que será definitivo, irreversible, só quedará o recordo”.