Naixement 16 de juny de 1822. Simón Bolívar, Llibertador de Sud-amèrica, va entrar triomfalment a la ciutat de l'Equador. D'entre la multitud, una jove li va llançar una corona de roses i de llorer i va ajustar el seu tir, perquè el ram va arribar als braços de Bolívar. Va ser la primera vegada que es van creuar Bolívar i Manuela Sáenz Aizpuru. La segona vegada, l'alliberador, pensant en aquella primera trobada, va dir a Manuel: “Senyora, si els meus soldats tinguessin l'habilitat de disparar que tu tens, ja hauríem guanyat la guerra a Espanya”. A partir de llavors, i fins a la mort de Bolívar (1830), Manuela es convertiria en la seva parella, tant en guerra com en amor.

El pare de Manuel, el burgès Simón Sáenz Vergara, es va casar en 1781 amb la rica hereva biscaïna Juana María del Camp Larraondo. Anys més tard va tenir un romanç amb la criolla Joaquín d'Aizpuru i en 1797 va néixer a Quito Manuela Sáenz Aizpuru. La mare va morir en donar a llum, mentre que altres fonts consultades asseguren que va morir quan el nen tenia dos anys d'edat. La madrastra, exclosa per la seva condició de bastarda, va ser acollida en el convent de Santa Catalina de Quito.

Als 17 anys es va escapar del convent, però poc se sap del succés i ni tan sols Manuela es va interessar per donar detalls del succeït; sembla que Faust D’Elhuyar, nebot de Juan José Elhuyar i fill de Fausto Elhuyar, va seduir i la va abandonar immediatament. En 1817, als 20 anys, es va casar amb el multimilionari mèdic anglès James Thorne, al qual el seu pare havia concertat prèviament. Però això no li va parar a l'hora d'anar a la baralla amb Bolívar.

El 25 de setembre de 1828 els enemics de Bolívar es van acostar al Palau de Sant Carles (Santa Fe de Bogotà, Colòmbia) amb l'objectiu de matar al líder. Manuela es va adonar de les seves intencions i va aconseguir entretenir als agressors. A Bolívar li va donar l'oportunitat d'escapar de la finestra i, d'aquesta manera, li va salvar la vida. Per això li van posar el sobrenom de La Llibertadora del Llibertador. Però això no vol dir que Manuela hagi obtingut el merescut reconeixement. Tot el contrari. En el Palau de Sant Carles es va col·locar una placa en record del succés, però en la inscripció ni tan sols se cita el nom de Manuel. Alguns historiadors ho han descrit com un simple complement romàntic a l'ombra de Bolívar. Uns altres han creat al seu voltant una llegenda sexual fosca, condemnant les posicions obertes, progressistes i provocadores de Manuel. Però gràcies al revisionisme de les últimes dècades, s'han publicat obres que subratllen el paper de Saenz Aizpuru com a heroi de la independència, i que també es consideren pioners del feminisme sud-americà.

Després de la mort de Bolívar, Manuela va aconseguir la seva vida venent tabac, traduint escrits per a balleneros a l'anglès i elaborant brodats i caramels per encàrrec, fins que va morir de diftèria el 23 de novembre de 1856.