La versió falsa i interessada de la trajectòria d'Allèn va ser llançada l'11 de setembre de 1973 pels qui volien justificar el cop d'estat, tant els opositors xilens com estrangers al govern de l'AP. Però en els últims anys l'obsessió contra Allèn té nom i cognom: Víctor Farías, filòsof xilè i ex professor de la Universitat Lliure de Berlín.

En 2005 Farías va deslligar la polèmica Salvador Allende: Quan va publicar Antisemitisme i Eutanàsia. En el llibre, Farías atribueix a l'expresident xilè actituds racistes, homòfobes i antisemites. Allèn va preparar en 1933 la tesi titulada Higiene mental i delinqüència, en la qual Farías s'ha basat per a destacar els “pecats” d'Allèn. La premsa de la dreta internacional difon a través de titulars cridaners el “descobriment” de Farías: El conservador The Daily Telegraph considerava que Allèn, considerat feixista i antisemitista, "podria curar" l'homosexualitat, i l'heroi socialista Allèn, "podria fer-lo".

D'una banda, quan Allèn va escriure la tesi faltaven uns anys per a la Segona Guerra Mundial i una mica més perquè els moviments a favor dels homosexuals i contra el racisme cobressin força. Per tant, les paraules d'Allèn no poden, simplement, ser inserides en el context actual. D'altra banda, els seguidors d'Allèn asseguren que les referències antisemites, racistes o homòfobes que apareixen en la seva tesi no són paraules de l'autor, sinó cites de Cesare Lombroso, i Allèn critica les opinions de Lombroso. Qui vulgui comprovar totes dues versions http://www.elclarin.cl/fpa/pdf/tesis_sag.pdf trobarà la tesi completa d'Allèn en l'adreça.

Un any després, en 2006, Farías va publicar un altre llibre: Salvador Allende: la fi del mite. Basat en documents de l'antiga República Federal Alemanya, el Partit Socialista de Xile parla de les relacions que va mantenir amb els nazis en la dècada de 1930 i dels vincles del Govern d'Allèn amb l'URSS. Els partidaris d'Allèn, entre altres, van utilitzar una carta enviada pel Congrés de Xile a Hitler per a rebutjar les noves teories de Farías, que va ser enviada després de la Nit dels Cristalls Trencats (1938), que denuncia clarament el que van fer els nazis aquella nit i que compta amb la signatura, entre altres, de Salvador Allèn. La Fundació Allèn, amb seu en l'Estat espanyol, va demanar una causa contra Farías, al·legant calúmnies contra l'ex president chileno.no
va prosperar la demanda judicial, però tampoc la polèmica suscitada per Farías. No obstant això, no va cedir en la seva croada Els Documents Secrets de Salvador Allèn. La Caixa de Fons En La Moneda la va publicar per a seguir amb les interminables històries de conspiració sobre Allèn. La tercera part va tenir poc eco.