Inkisizioa ezarri zuen Espainiar inperioak Ameriketako kolonietan. Liman ezarri zuten erakunde gisa, eta gero etorri ziren Mexiko Hirikoa eta Cartagena de Indiaskoa. Herejetzat jotzen zituzten pertsonak torturatzen eta hiltzen zituzten, gehienetan disidentzia politikoa zigortzeko baliatu zuten. Inkisizio espainiarrak 150.000 lagun auzipetu zituela kalkulatzen da eta kolonizazioaren aurretik idatzitako milaka dokumentu ere erre zituzten.