El jutge Baltasar Garzón va detenir a vuit membres d'Udalbiltza i va ordenar el tancament de les seves seus. En el sumari van ser processades 22 persones sota la doctrina "tot és ETA", dinou d'elles càrrecs electes municipals i tres treballadors d'Udalbiltza. En 2011 van ser absolts per l'Audiència Nacional d'Espanya.

Udalbiltza es va constituir el 18 de setembre de 1999, quan ETA es trobava en ple apogeu i la majoria de les forces polítiques i socials nacionalistes basques van signar l'Acord de Lizarra-Garazi. Va reunir 2.000 electors dels set territoris bascos. L'objectiu era l'ús coordinat de les competències dels ajuntaments o cases consistorials en el camí de la construcció nacional.

"Superar la fragmentació administrativa del País Basc, que contribueix al ple desenvolupament del País Basc i el XXI. Perquè per a afrontar els reptes del segle és necessària l'articulació territorial", va assenyalar.

La nova organització aviat va sofrir la divisió abertzale i la ruptura de la treva d'ETA. Quan Udalbiltza es va dividir en dos, el pròxim a la HB va estar sota l'agressió judicial de l'Estat espanyol des de 2003.

En 2013 es va reorganitzar Udalbiltza, en un ambient nou, però no va trobar el mateix lloc.