Les tropes napoleòniques van guanyar la batalla de Baztán i van entrar en Hego Euskal Herria durant la Guerra de la Convenció. En poc temps tot el País Basc estava baix control. L'alcalde de Sant Sebastià, Mitxelena, va arrabassar la ciutat als francesos amb condicions com respectar la religió catòlica dels donostiarres, retornar els furs a la situació anterior de 1200 i no obligar-los a agafar armes. Guipúscoa va acceptar el govern revolucionari francès i va proposar la creació d'una República independent de Guipúscoa, emparada per França. En 1795 Àlaba i Bizkaia els van fer propostes similars. En finalitzar la guerra, els espanyols van jutjar als dirigents guipuscoans acusant-los d'una traïció d'alt nivell.