L'imperi espanyol va imposar la inquisició en les colònies americanes. Es va establir a Lima com a organització i després van venir Mèxic D.F. i Cartagena d'Indiasco. Torturaven i assassinaven a persones considerades herejeras, que en la majoria dels casos van utilitzar per a castigar la dissidència política. Es calcula que la inquisició espanyola va processar a 150.000 persones i van cremar milers de documents escrits abans de la colonització.