El setge del castell d'Amaiur va acabar amb la derrota dels navarresos. Els soldats espanyols van destruir els murs del castell en canonades després de diversos dies d'asediación a la fortalesa. Amb aquesta derrota, després de la conquesta de 1512, es va acabar el tercer intent legitimista de recuperar el Regne de Navarra. La repressió va ser dura i els soldats castellans van exterminar sistemàticament per Navarra els pobles, siguin o no partidaris d'ells.