Les Moluques també es deien Illes de les Espècies, i aquest era l'objectiu de l'expedició. Carles V.ak necessitava diners per a pagar les guerres que s'havien deslligat pertot arreu, Juan Sebastián Elkano, de Getaria, acabava de demostrar que podia viatjar al Pacífic pel Sud d'Amèrica, per la qual cosa el rei es va afanyar a concedir-li una aventura que li proporcionaria importants ingressos econòmics. García Jofre de Loaisa (1490-1526) era el cap de l'expedició i el propi Elcano era el seu segon cap. No era l'únic basc, els seus tres germans es van anar amb Elkano i molts més: Gebara, Areizaga, Urdaneta, Uriarte, Gorostiaga...

Dos dels set vaixells es van enfonsar ràpidament i un tercer es va mutar i va tornar a la Península Ibèrica. Van arribar, doncs, quatre caravel·les al Pacífic. Santa María de la Victòria arribaria sola a Moluques. Poc després de travessar l'estret de Magallanes, una altra tempesta va dispersar les embarcacions i San Lesmes, format principalment per bascos, es va perdre per sempre. No obstant això, l'historiador australià Robert Langdon va escriure en The Lost Caravel que el vaixell no es va enfonsar i que els mariners van deixar vestigis a Polinèsia i Nova Zelanda. En el segle XVII, tant el getariarra Domingo Bonaetxea com el capità Cook van trobar aquests indicis: característiques occidentals en algunes de les seves cares, manera d'acomiadar-se, mètodes d'orientació marítima... I Bonaetxea també havia vist una creu.

Un any després de la sortida de l'expedició, Loaisa va morir el 30 de juliol de 1526, i una setmana després, el propi Elcano. Toribio Alonso de Salazar, tresorer de les Encartaciones, els va succeir i el 5 de setembre va arribar a les Illes dels Lladres, les actuals Mariannes. Allí, per casualitat, es va trobar amb un company de l'expedició de Magallanes. Gonzalo de Vigo era gallec, estava nu, “el pèl li arribava fins a les natges” i havia après l'idioma dels nadius.

Onze anys després de la sortida de l'expedició, el primer mariner va tornar a la Península Ibèrica: Andrés Urdaneta era d'Ordizia.