JxC no serà governat d'ara endavant per la Generalitat, ja que en la seva votació entre militants el dijous i el divendres han decidit sortir de la seva coalició de govern amb l'ERC. El 55% dels vots emesos aposten per sortir del Govern de Catalunya i el 42% per continuar, mentre que el 1,8% ha votat en blanc. La participació ha estat alta: 6.465 militants han votat (79%).
La presidenta de JxC, Laura Borràs, ha dit a la premsa que el govern de Pere Aragonès ha "perdut la legitimitat democràtica", i ha dit que "potser" el president també hauria de fer front a una consulta del Parlament de Catalunya, la legitimitat democràtica del qual també ha quedat "en dubte". JxC passarà del divendres a l'oposició, tercera força parlamentària després del PSC, i Borràs ha subratllat que el partit vol governar "cap a la independència" i que actuaran "amb responsabilitat i responsabilitat".
No obstant això, Pere Aragonès aclareix des del principi que seguirà en el comandament: “El meu objectiu com a president és que el que guanya sigui el país. Això és responsabilitat meva, i per això hem de continuar governant”. JxCi acusa a JxCi de ser “irresponsable”, dient que "han abandonat" a la ciutadania amb la decisió de deixar la coalició de govern. Els sis consellers corresponents a JxCi van cessar el mateix divendres i en tot just 48 hores el president de la Generalitat ha presentat als nous consellers per a ocupar el seu lloc, i el de Jordi Puignero, destituït el 28 de setembre. En paraules d'Aragonès, representaran a “tota Catalunya”, el “consens del 80% de la població”. La majoria són d'ERC i ex càrrecs de PSC, CDC i Podem. Els consellers que prendran possessió el dimarts seran els següents:
Natàlia Mas i Guix, Consellera d'Economia i Hisenda.
Meritxell Serret i Aleu, Consellera d'Acció Exterior.
Joaquim Nadal i Farreras, abans del PSC, Conseller de Recerca i Universitats.
Juli Fernández i Olivares, Conseller de Territori.
Manel Balcells i Díaz, Conseller de Salut.
Carles Campuzano i Canadés, primer CDC, Conseller de Drets Socials.
Gemma Ubasart i González, primera de Podem, Consellera de Justícia, Drets i Memòria.
A més, l'actual consellera de Presidència, Laura Vilagrà, serà vicepresidenta del Govern.