Va ser detingut al maig de 2008 a Bordeus (França), al costat de Xabier López Peña, Jon Salaberria i Ainhoa Ozaeta. Va ser jutjat i condemnat a París en 2012, acusat d'un delicte d'integració en organització terrorista en l'aparell. Durant el judici, Suberbiola i la resta dels acusats van declarar el sofriment que van causar en la jove.

Va passar els seus primers anys en la presó d'Arlés, a uns 750 quilòmetres d'Euskal Herria. En 2018, no obstant això, va ser traslladat al Mont de Marsan, en un procés iniciat al costat de la delegació basca en l'Estat francès. L'Audiència Nacional espanyola va intentar traslladar a Suberbiola a Espanya perquè fos jutjat per un presumpte delicte de pertinença a Segi, i per això se li va condemnar a catorze anys de presó. No obstant això, els tribunals francesos li ho van negar.