El primer any en què Bolsonaro va accedir a la presidència de la República va ser un desastre per a l'Amazònia, el pulmó verd per excel·lència del planeta. El Sistema de Detecció de la Desforestació en Temps Real de l'Institut Nacional de Recerca Espacial del Brasil (INPE, segons les sigles brasileres) va publicar a principis de 2020 que l'àrea d'observacions " de la desforestació" aconseguia els 9.166 quilòmetres quadrats i en 2018, els 4.946 quilòmetres quadrats, la qual cosa suposa un increment del 85%. La dècada passada va ser el moment en el qual més s'han destruït les selves. Les previsions apunten al fet que l'any 2020 podria ser pitjor si els incendis actuals mantenen el mateix ritme.
Segons El Salt, només en els deu primers dies d'agost es van detectar 10.136 incendis en tota l'Amazònia brasilera, un 17% més que en la mateixa època de l'any anterior, i la xifra més alta, segons l'evolució de l'última dècada.
Human Rights Watch (HRW), qui va informar el 26 d'agost de la situació, va publicar un informe en el qual denunciava que els incendis d'enguany poden ser encara pitjors. Malgrat el caràcter vinculant de la Política Nacional sobre el Canvi Climàtic, el Govern brasiler es va comprometre a reduir la taxa de desforestació global anual a 3.925 quilòmetres quadrats, però les noves zones destruïdes a l'abril eren 4.509 quilòmetres quadrats. A més, en comparació amb el mes anterior, es van registrar més incendis, un 28% més que en el mateix mes de l'any anterior.
Tant la comunitat científica com el moviment ecologista han subratllat la influència de Bolsonaro en la zona de la catàstrofe. En els plans d'explotació de l'Amazònia es van suprimir competències i recursos a les administracions públiques, com l'Institut de Medi Ambient i Recursos Naturals Renovables del Brasil (IBAMA), vinculat al Ministeri de Medi Ambient i encarregat de desenvolupar la Política Ambiental Nacional.
La revista Global Rural va alertar que el 7 d'agost de 2019, tres dies abans del “Dia del Foc”, es van iniciar incendis massius a la regió de Novo Pogresso. En l'estat de Pará, un grup de 70 persones es va coordinar via whatsapp per a incendiar els marges de la BR-163, la qual cosa va provocar danys menors. Dins d'aquest grup es trobaven els propietaris de terres, productors rurals, comerciants i sindicalistes. A pesar que aquesta informació va ser donada a conèixer en el Ministeri de Medi Ambient, no es van prendre mesures. Pel que sembla, enguany també ha estat el mateix problema. Investigadors i mediambientals han denunciat que la moratòria de 120 dies en la zona per a prohibir els focs i vigilar als militars ha estat "una mesura poc efectiva", segons HRW. "Els incendis forestals en la selva amazònica no es produeixen de manera natural", ha denunciat l'ONG en un comunicat. "Després de la desforestació, es produeixen incendis intencionats per a netejar terres i afavorir l'especulació agrícola, ramadera i immobiliària, moltes vegades il·legalment. Hi ha més incendis a l'agost o setembre".
Segons l'estudi brasiler Les pomes podrides de l'agronegocio, publicat al juliol en la revista Science, prop del 20% de les exportacions de soia i el 17% de les exportacions de carn de boví sud-americana procedeixen de zones amb activitat il·legal de desforestació a l'Amazònia. Els investigadors van acusar a Bolsonaro d'haver impulsat la desforestació "contravenint el Codi Forestal del Brasil i l'acord de moratòria de la soia", que viola la norma que prohibeix talar els boscos per a la producció de gra.