Oraindik proiektua besterik ez den museoak zientziaren zabaltokia eta topalekua izan nahi du, zientzia eta teknologia modu erakargarriz aurkezteko helburuarekin.
Museotan irakurtzen ohi dugun «mesedez, ez ukitu» leloak ez du Zientzia Museoan zentzurik izango eta «mesedez, ukitu ezazu» izango da lelo nagusia. Beraz, museo interaktiboa izango da eta eskoletako haurrek, elkarteek, talde kulturalek... tresnak erabili eta esperimentuak egin ahal izango dituzte. Honek guztiak jendeak fenomeno zientifikoen zergatia ulertzea du helburu. Bertara sartzeko ez da adin mugarik egongo eta hiru urtetik aurrerako guztiek Zientzia Museoan sartzerik izango dute.
Museoaren zeregin nagusia (zientzia zabaltzea) betetzeko, erakusketak, hezkuntzara zuzenduriko ekintzak, seminarioak, hitzaldiak eta esperimentazio tailerrak antolatuko dira. Ospe handiko pertsonaia zientifikoak ere ekarriko dituzte, jende orori, zientzia munduan egindako azken lorpenen informazioa eta iritziak helarazteko. Gainera, aldian behin, argitalpen zientifikoak kaleratuko dituzte.

Joaquin Montero arkitektoak diseinatutako proiektua da eta bertan aurreikusten denez, 8.000 metro karratuko azalera izango du Zientzia Museoak. San Miguel Patronatoak Miramongo Poligonoan duen lur-zatian egingo da. Bertan dauden zenbait eraikin mantenduko den arren, beste asko bota eta berriak egingo dituzte. Mantenduko dituztenen artean Arbide Dorreak eraikin babestuak daude.
Eraikin berrien artean, Astronomiako Behatoki Dorrea egongo da, Zientzia Museoko gunerik erakargarrienetarikoa. Aluminio leunez egina, hegazkin itxura izango du eta 30 metroko altuera. Dorreak 4,5 metroko diametroko kupula eramango du goialdean.
Bestalde, Planetarioa ere gune sozio-kulturalaren oinarrizko elementua izango da. Iraulitako kono baten itxura izango du eta altuera 18 metrokoa izango da. Eguzki-indarra jasotzeko tresna bat ere edukiko du. Sesio bakoitzeko 140 pertsona sartu ahal izango dira.

Zientzia Museo Berria hiru ataletan banatuko da. Lehenengoa, elementuen lorategia izango da, bigarrenean, oinarrizko zientzia kokatuko da eta azkena aplikazio teknologikoei dagokien atala izango da.
Horretaz gain, bisitariek museoko kanpoaldean Lurra, Airea, Sua eta Ura adieraziko duten moduloak izango dituzte ikusgai.
Museoaren beraren eraikuntzaz gain, proiektuak beste eraikin batzuk aurreikusten ditu: jantokia eta kafetegia, denda, aparkalekuak eta beste zenbait zerbitzu osagarri, hala nola, bulegoak eta laborategiak.
Kutxa Fundazioaren proiektu honek 2.100 milioi pezetako aurrekontua du. Diru kopuru honetatik 166 milioi elektrizitate eta igeltserotza lanetara zuzenduko dira, 95 milioi egitura eraikitzeko erabiliko dira eta 60 milioi inguru eraikinen klimatizaziorako. Oraindik proiektua besterik ez dena, 2000. urteko udaberrian errealitate izatea espero dute arduradunek. Lanak hemendik hiruzpalau hilera hasiko dira